Selon la Commission européenne, "aucune négociation n'est envisagée pour inclure le Sahara Occidental dans un accord aérien".

Ceci est clarifié dans un courrier de la Commission que Western Sahara Resource Watch (WSRW) a récemment obtenue. La lettre a été envoyée par la direction générale de la mobilité et des transports de la Commission au député irlandais Ciarán Cuffe le 6 mars 2020.

Cette clarification complète la Cour de justice de l'UE annulant l'application de l'accord aérien UE-Maroc au Sahara occidental dans son arrêt du 30 novembre 2018. L'arrêt précise que le territoire marocain doit être compris comme "faisant référence au zone sur laquelle le Royaume du Maroc exerce la gamme complète des pouvoirs reconnus aux entités souveraines par le droit international, à l'exclusion de tout autre territoire tel que celui du Sahara Occidental". La Cour a ajouté que l'inclusion du Sahara Occidental enfreignait les règles du droit international, "notamment le principe d’autodétermination, rappelé à l’article 1er de la charte des Nations unies, et le principe de l’effet relatif des traités" (art. 27). "L’Union ne saurait valablement partager une intention du Royaume du Maroc d’inclure le territoire en question dans le champ d’application dudit accord" (art 33).

Ainsi, le Sahara Occidental n'est donc couvert par aucun accord aérien de l'UE. Il n'y a pas de cadre juridique en place pour régir les services aéroportuaires commerciaux entre l'UE et la dernière colonie d'Afrique. Des sociétés telles que Transavia, Air France et Binter, exploitant une ligne aérienne vers le Sahara Occidental occupé, le font dans un vide juridique.

La Commission Européenne est consciente que cela est très préoccupant pour les passagers et l'équipage en termes d'assurance et de sécurité, déclarant que l'arrêt de la CJUE "a clairement indiqué que la définition du territoire contenue dans l'accord aérien euro-méditerranéen ne couvre pas le Sahara Occidental. Par conséquent, toute compagnie aérienne certifiée par un État membre de l'UE doit se conformer aux règles de l'UE concernant notamment la sécurité de ses opérations, l'octroi de licences à son équipage et l'entretien de ses aéronefs, quel que soit le territoire sur lequel la compagnie aérienne opère. Les États membres sont bien conscients de la règle. »

Pourtant, malgré cela, WSRW note qu'Air France, Transavia et Binter proposent toujours des vols vers le territoire. En plus de cela, la guerre a éclaté au Sahara Occidental il y a cinq jours. Vendredi 13 novembre, l’intervention militaire marocaine  au Sahara Occidental a mis fin au cessez-le-feu vieux de trois décennies. À l'heure actuelle, des affrontements se poursuivent dans différentes parties du territoire.

La position de la Commission sur la non-renégociation de l'accord est significative, car dans le cas de l'accord commercial UE-Maroc et de l'accord de pêche UE-Maroc, elle a entamé des renégociations avec le Maroc en vue d'inclure une référence spécifique au Sahara Occidental dans la portée territoriale des accords. La Commission a noté dans la lettre adressée au député européen Cuffe que la décision de la Cour sur l'accord aérien ne sera pas renouvelée "contrairement a ce qui a été fait dans le cas des produits agricoles et de la pêche, qui sont en instance devant le Tribunal".

La Cour de justice de l'UE a annulé l'application des accords de commerce et de pêche au Sahara Occidental, arguant que le Maroc n'avait aucune souveraineté sur le territoire, qui a un statut "séparé et distinct" de n'importe quel pays du monde, y compris du Maroc. La Cour a déclaré que le peuple du Sahara Occidental doit être considéré comme un tiers dans les relations de l’UE avec le Maroc et doit donner son consentement pour qu’un tel accord affecte légalement ses terres. Compte tenu des arguments de la Cour, il est douteux que le simple fait d’inclure une référence rapide au territoire dans le champ territorial des accords avec le Maroc, sans le consentement des Sahraouis, résiste à la Cour où les affaires sont à nouveau pendantes.

On ne sait pas pourquoi l’approche de l’UE vis-à-vis de la décision de la Cour sur l’accord aérien diffère si manifestement de sa réponse aux décisions de la Cour sur l’accord sur le commerce et la pêche. Dans ces deux derniers cas, l'UE a choisi de renégocier ces accords avec le Maroc pour inclure expressément le Sahara Occidental dans le champ d'application territorial. Maintenant, sur l'accord sur l'aviation, il accepte essentiellement la décision. L'une des raisons peut résider dans le fait qu'un accord aérien est un accord mixte, c'est-à-dire qu'il touche des compétences exclusives à l'UE et exclusives aux États membres. Une modification d'un tel accord devrait alors non seulement passer par un processus de ratification dans les institutions de l'UE - ce qui était suffisant pour l'accord sur le commerce et la pêche - mais également dans chacun des États membres de l'UE. Certains États membres serait opposés à la ratification d'une extension au Sahara Occidental occupé ?